판례번호226667

甲 주식회사가 미국 법인 乙 회사와 라이선스 계약을 체결하고 로열티를 지급하고 있는 丙 유한회사와 위탁수입계약을 체결한 후 물품을 수입하여 丙 회사에 전부 공급하면서, 로열티를 물품의 과세가격에 가산하여 관세 및 부가가치세를 신고ㆍ납부해 오다 통관지 세관장에게 로열티에 상당하는 세액의 환급을 구하는 경정청구를 하였고, 통관지 세관장이 이를 인용하는 감액경정을 하였는데, 丁 세관장이 甲 회사에 대하여 관세조사를 한 후 로열티가 물품의 과세가격에 가산되어야 한다며 관세 및 부가가치세 증액경정을 하였고, 이에 따른 세금을 납부한 甲 회사에 경정ㆍ납부된 부가가치세 세액에 대하여 수정수입세금계산서가 발급되었으나, 감사원이 甲 회사가 경정청구 과정에서 위탁수입계약이 종료되었다고 사실과 다르게 설명하는 등 甲 회사에 귀책사유가 있다며 수정수입세금계산서의 발급을 취소하도록 요구함에 따라, 戊 세관장이 증액경정에 따른 부가가치세에 대한 각 수정수입세금계산서의 발급을 취소하자, 甲 회사가 위 각 수정수입세금계산서의 재발급을 신청하였으나 戊 세관장이 이를 거부한 사안에서, 증액경정의 대상이 된 甲 회사의 물품에 관한 수입신고는 당초 감액경정에 따른 것이므로, 甲 회사에 구 부가가치세법 제35조 제2항 제2호 (다)목에서 말하는 귀책사유가 있다고 볼 수 없어, 수정수입세금계산서의 재발급을 거부한 처분은 위법하다고 한 사례